In der Chirurgischen Klinik wurden gleich zu Beginn 3 Forschergruppen definiert, die jeweils einen verantwortlichen Leiter haben und denen Personen des chirurgischen Teams zugeordnet sind.

Die Forschergruppe 1 (Leiter Oberarzt Dr. D. Weyhe) beschäftigt sich klinisch und experimentell mit der Biokompatibilität von Netzen, die in der Hernienchirurgie beim Patienten eingesetzt werden. Mit Spezialanalysen wird der „genetische Fingerabdruck“ untersucht.

Die 2. Forschergruppe (Leiter Oberarzt Dr. Ch. Müller und Gastarzt Dr. O. Belyaev) ist mit dem Interdisziplinären Pankreaszentrum verbunden und beforscht klinisch und experimentell die Diagnostik, Prognostik und Therapie der akuten und chronischen Pankreatitis sowie der Pankreastumore. Ein aktueller Schwerpunkt bei der akuten Pankreatitis ist z.B. die Bedeutung des Cortisol-Metabolismus und dessen Beeinflussung in der Initialphase der Erkrankung. Bei der chronischen Pankreatitis und beim Pankreaskarzinom beschäftigt sich diese interdisziplinäre Forschergruppe u. a. mit der Entwicklung und Verhinderung des Diabetes mellitus.

Die Foschergruppe Nr. 3 (Leiter Oberarzt Priv.-Doz Dr. M. Seelig, Priv.-Doz. Dr. U. Mittelkötter und Dr. A.M. Chromik) ist über eigene Forschungskooperationen mit z. B. der Universität Kiel vernetzt und widmet sich dem Krankheitsbild der chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (CED und DSS-Colitis). Ein weiteres Forschungsfeld dieser Gruppe ist die Apoptose und die Rolle von Taurolidin und TRAIL bei unterschiedlichen gastrointestinalen Tumoren.